Năm 1973, nhằm đáp ứng nguyện vọng của nhân dân các xã vùng Yên (bao gồm 16 xã. Hiện nay còn 13 xã, trong đó có Yên Bái,Yên Trung), UBND tỉnh Thanh Hóa và huyện Yên Định quyết định cho trường chuyển về địa điểm mới tại xã Yên Trung (cách địa điểm cũ chừng 500 m).Từ đây trường bắt đầu được định hình, từng bước nâng cấp cơ sở vật chất, đủ lớp cho học sinh học 2 ca. Trong 8 năm (1973-1981) tọa lạc tại xã Yên Trung, quy mô trường lớp được nâng cấp, mở rộng, từ 12 lớp với 600 học sinh ban đầu đã tăng lên 18 lớp với 900 học sinh; cán bộ giáo viên từ 28 người tăng lên 50 người. Qúa trình giáo dục đã tôi luyện được ý chí kiên cường bất khuất cho nhiều thế hệ học sinh, đặc biệt là học sinh Lưu Thế Hà đã tình nguyện lên đường nhập ngũ năm 1976 (lúc đó anh 17 tuổi và đang học lớp 9), tham gia mặt trận biên giới Tây Nam, lập nhiều chiến công và đã hy sinh anh dũng, được nhà nước phong tặng Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân.

Để kết thúc tình trạng dạy học trong hào lũy, lán tre, hè năm 1981 trường có quyết định di chuyển về Bái Đung, xã Yên Phong.Từ năm 1981 đến năm 1994, do tác động từ điều kiện kinh tế xã hội suy thoái sau chiến tranh, từ 27 lớp với 1250-1350 học sinh mỗi năm xuống còn 10 lớp với 372 học sinh; từ 85 giáo viên xuống còn 29 giáo viên. Đây là giai đoạn trường trải qua nhiều biến động thăng trầm nhất.

Tháng 2/2013, căn cứ nhu cầu và tình hình thực tế của địa phương, trường THPT Bán công Hà Tông Huân được sáp nhập vào trường THPT Yên Định 2. Một lần nữa Trường THPT Yên Định 2 có biến động. Mặc dù quy mô trường lớp được mở rộng sau sáp nhập nhưng phải tháo gỡ khó khăn về ổn định công tác tổ chức và giải quyết sắp xếp cán bộ giáo viên dôi dư.

Sau nhiều biến động thăng trầm, đến nay trường đã xây dựng được 4 dãy nhà 2 tầng trên tổng diện tích rộng 26.000m2, đủ điều kiện cho học sinh học 1 ca. Trên cơ sở đó, thành tích giáo dục ngày một cao, học sinh đậu thủ khoa vào các trường đại học ngày một nhiều, đặc biệt có học sinh của trường đạt giải khuyến khích kì thi giải toán bằng máy tính môn vật lí cấp Quốc gia.